Overblog
Editer l'article Suivre ce blog Administration + Créer mon blog

Attirée par le sous-titre « Il y a plus de virus sur la Terre que d’étoiles dans l’univers », j’avais acheté cet ouvrage il y a déjà quelques temps, qui était allé  ensuite rejoindre d’autres essais ou romans attendant d’être lus. Cette note de lecture se veut synthétique et complète à la fois (je sais, c’est ambivalent). Il m’a semblé important de partager avec vous l’essentiel de ce livre si bien écrit et instructif et de le mettre en perspective avec l’actualité sanitaire que nous vivons.

Le Covid-19 ou coronavirus a bloqué une partie de la Chine puis a envahi l’Europe et le reste du monde. Confinée, j’ai repensé à ce livre d’autant que j’ai été indignée par certains chroniqueurs télé, médecins de métier, qui qualifiaient ce virus de grippette, grippe ou encore de rhume provoquant des complications pour une infime partie de la population. Or, en constatant ce qui se passait en Chine, en Asie en général, et en Italie, il était clair que c’était contagieux, très contagieux et que des personnes bien plus jeunes pouvaient en mourir. Alors pourquoi parler de rhume ? Je n’ai pas compris comment un rhume, mot banal, pouvait entraîner un confinement généralisé, des distanciations physiques et sociales et un désastre sanitaire. La lecture de « Planète de Virus » m’a quelque peu renseignée.

La deuxième édition de « Planète de virus », 126 pages, est paru en 2016 en France aux Éditions Belin, dans la collection Sciences à Plumes (laboratoire de raconteurs d’histoire). Il relate l’histoire des virus, des tentatives pour les éradiquer ou les utiliser et des épidémies les plus marquantes.

L’auteur :

Né en 1966, Carl Zimmer est un journaliste scientifique américain, souvent primé pour la qualité et le sérieux de ces articles et essais sur les sciences de la vie. Il est considéré comme un excellent vulgarisateur et collabore avec le New-York Times, National Geographic ou l’émission The American Life. Il a été maître de conférences à l’université de Yale en 2014. Et dans la bibliographie de cet ouvrage, il fait référence deux fois au Professeur Didier Raoult (oh mon Dieu ! diront ses contradicteurs. Ah mais nul n’est prophète en son pays).

Le contenu :

Le terme « virus » : à l’origine c'est un terme ambivalent. En effet, à l’époque de l’empire romain, il désignait aussi bien le venin de serpent que le sperme humain.  Il évoquait également la puanteur, l’infection, l’odeur. Plus tard, son sens évolua pour désigner tout ce qui pouvait propager des maladies. A la fin des années 1800 le mot virus commença à prendre son sens moderne. C’est en 1898 qu’un scientifique néerlandais comprit qu’il avait affaire à un « fluide vivant contagieux » et utilisa le mot virus pour le définir.

Sa nature : Difficile à définir dans les années 1920, le virus commença à être décrypté par la suite. Fait de protéines à 95 %, les 5 % restants sont constitués d’acides nucléiques, ADN ou ARN et peuvent se répliquer en « détournant d’autres formes de vie ». Le virus entre dans une cellule et se réplique des milliers de fois. Il serait en partie à l’origine du génome humain et peut-être de la vie elle-même il y a quatre milliards d’années. Les virus contribuent à la diversité génétique et à la production d’une grande partie de l’oxygène ainsi qu’à la régulation climatique de la planète et des océans. Les virus seraient « la matrice vivante de la biologie ». Il est soit en sommeil soit véhiculé par les animaux (oiseaux, singes, insectes, etc.) et les êtres humains à chaque migration et chaque voyage.

Le virus n’a pas d’enzyme de réparation, ce qui signifie qu’il peut se copier mais avec un taux d’erreurs important, ce qui les empêcherait d’être considérés comme des organismes vivants.  S’il faut être constitué de cellules pour être déclaré « organisme vivant » alors les virus n’en sont pas car, « en résumé, ils n’ont pas « tous les gènes permettant de vivre pleinement ».  La question reste cependant ouverte.

Quelques chiffres : en 2009, une scientifique américaine découvrit qu’il y avait environ 174 virus dans les poumons humains dont seulement 10 % étaient proches de ce qui était déjà connu. (Notons que le corps humain contient cent mille milliards de bactéries). Dans les océans, les virus sont quinze fois plus nombreux que les autres hôtes marins et leur poids cumulé représenterait 75 millions de baleines bleues. Seuls 10 % peuvent infecter l’être humain. Chaque litre d’eau de mer émet jusqu’à cent milliards de nouveaux virus par jour dont la majorité sont nouveaux aux yeux des scientifiques. Quant à l’air que nous respirons, il faut rappeler que 10 % de la photosynthèse terrestre est le fait de gènes viraux.

Épidémies emblématiques :

  1. le rhume ! Un des rhinovirus humains pour écrire savamment. Déjà identifié dans l’Antiquité, le
    rhume est souvent bénin. Pour s’en remettre, il faut « attendre que le système immunitaire se soit débarrassé du virus mais aussi que le système immunitaire se calme » après avoir été très sollicité. 40 % des personnes infectées ne présentent aucun symptôme. Les antibiotiques ne sont pas adaptés car le rhume est issu d’un virus et non d’une bactérie. Depuis une trentaine d’années, on commence à mieux cerner les rhinovirus et à moins les sous-estimer (en mars 2020 ce n’est pas acquis...). Malgré tout,  le remède est difficile à élaborer quand on sait que les rhinovirus sont très diversifiés et qu’un médicament ne peut viser a priori qu’une souche donnée. Ici on peut mieux comprendre pourquoi certains ont évoqué un gros rhume en parlant du Covid-19, se fondant sur l’expérience et en mésestimant sa force de contagion. Beaucoup d’ailleurs ont relayé les chiffres de mortalité de la grippe pour dédramatiser la situation. Or, le mot « rhume » recouvre aussi bien la notion de virus que celle d’un banal refroidissement que nous expérimentons tous chaque année. « Rhume très contagieux et potentiellement mortel» aurait été peut-être mieux entendu...
  2. la grippe : le virus de la grippe provient des oiseaux et seuls quelques virus de la grippe aviaire réussissent à s’adapter à la constitution humaine. La grippe de 1918 infecta 500 millions de personnes et en tua environ 50 millions. Selon l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé), la grippe tue chaque année entre 250 000 et 500 000 personnes dans le monde (environ 8 000 en France). Elle touche toutes les tranches d’âge mais plus les enfants. Le système immunitaire humain résiste à la grippe, avec douleurs, fièvre et fatigue dont on sort souvent au bout d’une semaine. Seules quelques personnes au système immunitaire affaibli ont des complications. Pourtant en 1918 (grippe espagnole), ce sont les jeunes adultes qui furent durement touchés, peut-être par une souche différente de la grippe que nous connaissons ou bien parce que les plus âgés étaient immunisés par une précédente épidémie. Pour ralentir l’épidémie de grippe, le premier geste à effectuer est de bien se laver les mains (tiens ! ça me dit quelque chose).
  3. Le VIH : présent dès les années 1960, il est issu d’un contact régulier avec différentes types de singes. En Afrique de l’Ouest il fut noté que certains singes, les mangabeys couronnés, étaient chassés pour être des animaux de compagnie ou de la viande à consommer. Puis les chimpanzés, comme les gorilles, furent étudiés au Gabon, au Cameroun, en Tanzanie. Le virus originel est passé (a sauté) à notre espèce treize fois, avec deux souches différentes et a contaminé depuis les années 80 plus de 60 millions de personnes et en a tué près de la moitié. Quand le VIH entre dans le corps, il s’attaque au système immunitaire et insère son propre matériel génétique dans celui des cellules. Au début, cela ressemble à une légère grippe et le système immunitaire arrive à museler le virus un temps seulement. Les cellules immunitaires dites T CD4 sont de plus en plus infectées et relâchent le virus qui infecte leurs voisines. Le système immunitaire peut s’effondrer en quelques mois comme en quelques années. En 1983 des scientifiques français réussirent à isoler le virus responsable du SIDA mais il fallut près de trente ans pour comprendre ses origines et les différentes souches découvertes.
  4. Le virus du Nil occidental : En 1999, des flamands roses d’un zoo du Bronx à New-York souffrirent d’une infection causant des saignements au cerveau. Dans le Queens, autre secteur new-yorkais, on constata une recrudescence d’encéphalites chez les habitants, autrement dit une inflammation du cerveau. On comprit qu’il s’agissait d’un virus dit du Nil occidental, jamais encore observé dans cet hémisphère. C’est en 1937 que le virus du Nil occidental fait son apparition en Ouganda. Plus tard, on le découvrit au Proche-Orient, en Asie et en Australie et on réalisa que le moustique était le vecteur du virus entre l’oiseau et l’être humain (sa trompe agit comme une seringue). En quatre ans, cet insecte a permis de contaminer l’ensemble du territoire nord-américain. Les chiffres laissent penser qu’entre 1999 et 2013 780 000 personnes furent touchées dont 1 549 décédèrent. En 1996, en Europe, plus précisément en Roumanie, 90 000 personnes furent malades d’encéphalites, probablement dues à ce virus. La chaleur et le réchauffement climatiques sont des éléments favorables à la propagation des moustiques et du virus, comme en a témoigné fin 2014 l’épidémie de chikungunya.
  5. Les virus Ebola, SRAS et MERS-CoV : très médiatisé le virus Ebola, découvert en 1976, est violent et mortel de 25 à 90 %, avec une moyenne à 50 %. Il provient d’une région du Zaïre et contamine également les singes. Il pourrait provenir de chauve-souris. Il est proche du virus de Marburg, ville d’Allemagne, où des employés d’un laboratoire furent victimes de fièvres hémorragiques, contaminés par des singes importés d’Ouganda. Le SRAS ou syndrome respiratoire aigu sévère s’est fait connaître en Chine en 2002 et tue en quelques jours 10 % des personnes infectées. Lui aussi viendrait des chauves-souris qui contamineraient des civettes qui à leur tour infecteraient d’autres animaux vendus sur les marchés. En 2012, un autre coronavirus est apparu en Arabie Saoudite provoquant d’importants troubles respiratoires et la mort d’un tiers des patients. Le virus est apparenté à un virus découvert chez des chauves-souris d’Afrique. Carl Zimmer évoque également (en 2016) un virus virulent à venir hébergé par un animal encore inconnu ou non identifié : sans doute le Covid-19(?). On savait donc que cela arriverait, tôt ou tard.
  6. La variole : connue depuis l’Antiquité, la variole passe par les voies respiratoires et a des symptômes bien visibles. Des épidémies de variole furent identifiées il y a 3 500 ans en Egypte, en Chine, en Inde, puis plus tard en Grèce ou au Moyen-Orient ou encore en Turquie au XVIIème siècle. Entre 1400 et 1800, la variole aurait tué 500 millions de personnes par siècle. La première méthode de prévention remonterait à la dynastie Tang en Chine (900 de notre ère). C’est à la fin des années 1700 qu’un médecin anglais Edward Jenner inventa un vaccin en s’inspirant des histoires de laitières affectées à la traite des vaches, et immunisées contre ce virus.  Il fit des tests à partir de prélèvements de pus et fit des injections à un garçon qui développa quelques symptômes sans souffrir autrement. En 1798, Edward Jenner fit publier ses recherches et appela son procédé « vaccination » du nom latin de la vaccine « variolae vaccinae », nom de la variole de la vache. Une campagne de vaccination fut lancée en Angleterre puis dans le monde. Par exemple, le Roi Charles d’Espagne en 1803 fit armer une flotte de navires à destination de l’Asie et du continent américain. En 1965, l’OMS lança un programme d’éradication de la variole en commençant par les foyers d’infection puis les alentours. En 1977, on considéra que la variole avait disparu. C’est à ce jour le seul virus à être éliminé (en dehors de quelques fioles gardées dans des laboratoires et qui firent débat).
  7. Les virus géants : en 1992, on découvrit un nouveau virus dans de l’eau prélevée dans un système de climatisation en Angleterre. Sa taille énorme, cent fois plus gros que les virus connus, ne permit pas de l’identifier tout de suite. En 1998, à l’université de la Méditerranée à Marseille les scientifiques comprirent que c’était bien un virus, un virus géant avec 1 018 gènes contre quelques uns habituellement. D’autres prélèvements furent effectués dans des tours de refroidissement en France et révélèrent l’existence d’autres virus géants. Depuis 2014, on en trouve dans le permafrost en Sibérie ou cachés dans des animaux.  Avec la découverte de virus géants, les certitudes scientifiques ont été remises en question, d’autant que le nombre de gènes de ces virus semble trop important pour ne servir qu’à se multiplier. Certains d’entre eux codent « des enzymes qui peuvent réparer l’ADN ». Des virologues français pensent que les virus ont pu « inventer » la molécule d’ADN à double brin pour se protéger des attaques.  Ces virus géants ont un fonctionnement plus complexe que les virus de taille ordinaire. Leur découverte a démontré que la virologie était encore une science jeune.

Les recherches virologiques et thérapeutiques : les phages et les antibiotiques.

Lors de la Première guerre mondiale, un médecin militaire, Félix d’Hérelle, au contact de soldats français touchés par la dysenterie causée par la bactérie Shigella fit des analyses pour comprendre la maladie. Une fois les bactéries filtrées de la matière fécale qu’il avait récoltée, il constata que des points blancs apparaissaient, des virus tueurs de bactérie. Il nomma ces virus du nom de bactériophages (mangeurs de bactéries), connus aujourd’hui sous le nom de « phage ». L’idée de virus tuant des bactéries fut tout d’abord rejetée, entre autre par un autre scientifique français prix Nobel en 1919.  C’est dans les années 1940, après de longs débats passionnés, qu’il fut prouvé que Félix d’Hérelle avait raison.Lors de la guerre, le médecin militaire utilisa ces phages pour soigner les soldats, en ayant pris la précaution préalable de tester avec succès sa méthode sur lui-même. Le médicament à base de phages fut commercialisé par une société à l’origine de L’Oréal.

 

En 1940, l’utilisation de virus bactériophages connut un déclin. Comment pouvait-on utiliser un virus pour soigner et guérir, d’autant que dans les années 30 les antibiotiques avaient été découverts ? Ces derniers furent mieux accueillis car ils n’étaient que de « simples composés chimiques artificiels et de protéines produites par des champignons ou des bactéries ». Ils étaient en outre très efficaces. L’étude des phages fut abandonnée sauf en URSS à partir des années 20. Des études et des expériences sur la phagothérapie furent menées là-bas avec succès, à une époque où l’information ne passait pas le rideau de fer. Depuis 1989, des chercheurs occidentaux se sont remis à étudier les phages, constatant que le corps humain en comporte, tuant de nombreuses bactéries sans pour autant affaiblir l’organisme. Mais la résistance croissante des bactéries aux attaques des phages laissa supposer que cette thérapeutique ne peut pas être un remède inscrit dans le temps. Or, les scientifiques pro-phages constatèrent que ces derniers savaient également s’adapter, muter pour mieux attaquer les bactéries. En 2008, aux États-Unis, un phage a été créé par des biologistes avec une modification de son ADN pour être plus performant. En parallèle, on déplore depuis plusieurs années une résistance des bactéries aux antibiotiques pour lesquels il faut parfois une dizaine d’années pour être commercialisés.

L’avenir dira ce qu’il en est des phages et des antibiotiques.

Crédit photos : virus géant : FranceTV - structure du phage : pherecydes-pharma.com

Tag(s) : #virus, #rhinovirus, #CarlZimmer, #PlanèteVirus, #DidierRaoult, #phages, #Covid19

Partager cet article

Repost0
Pour être informé des derniers articles, inscrivez vous :